Родился 26 июня 1952 г. в городе Астрахань.

В 1975 году окончил Калмыцкий государственный университет, в 1986 году – первый факультет Академии Управления МВД СССР.

Трудовую биографию начал в 1969 году матросом на Волге. С 1975 по 2010 гг. занимал различные должности в системе МВД СССР и России, неоднократно выполнял служебные задачи в зоне вооружённых конфликтов.

Был начальником инспекции по делам несовершеннолетних МВД СССР, а впоследствии – Российской Федерации. В 1998-1999 гг. занимал должность первого проректора по учебной работе Санкт-Петербургского университета МВД России. С 2005 по 2007 гг. – на посту Главного инспектора МВД России. С 2007 по 2010 гг. – начальник Управления внутренних дел по Ульяновской области (назначен Указом Президента России В.В.Путина от 19 ноября 2007 года № 1526).

С 2010 года – Генеральный директор ООО «Интеллект групп» (Москва).

С 9 ноября 2011 года – и.о. ректора Ульяновского государственного педагогического университета, 18 декабря 2012 года назначен ректором .

С 1995 по 1997 год входил в группу экспертов ООН по вопросам контроля за оборотом оружия.

8 сентября 2013 года избран в Законодательное Собрание Ульяновской области V созыва по областному избирательному округу от партии «Единая Россия». С 14 сентября 2013 года по сентябрь 2018-го - председатель ЗСО. Входил в состав Совета законодателей РФ, был членом комиссии по вопросам законодательного обеспечения национальной безопасности и противодействия коррупции.

По результатам выборов в Законодательное собрание области, состоявшихся 9 сентября 2018 года, Бакаев принял решение уйти с поста секретаря регионального отделения «ЕР». «Раз так получилось, что партия полностью потеряла авторитет («Единая Россия» сильно недобрала в количестве мандатов, - 73онлайн.), я не считаю возможным возглавлять и партию в регионе, и все остальное. Я об этом сказал губернатору на совещании. Никто меня не гнал, это мое личное решение», - прокомментировал он свое решение одному из федеральных изданий. Отказался он и от поста спикера ЗСО, и в настоящее время является рядовым членом депутатского корпуса областного парламента, состоит в социальном комитете, который возглавил бывший глава Ленинского района Ульяновска Сергей Шерстнев.

11 октября 2018 года сложил с себя полномочия секретаря Ульяновского регионального отделения партии Единая Россия (исполняющим обязанности был назначен Василий Гвоздев).

Анатолию Бакаеву присвоены ученые степени кандидата юридических наук и доктора исторических наук, почетное звание «Заслуженный юрист Российской Федерации».

Он является автором более 60-ти научных работ, среди которых пять монографий и два учебных пособия для высших учебных заведений, рекомендованных Министерством образования и науки Российской Федерации. Его учебник «Система профилактики правонарушений несовершеннолетних» целиком посвящен проблемам молодежной преступности.

Большой поклонник авторской самодеятельной песни, собиратель русских народных частушек (на любительском уровне).

Женат, имеет дочь. «Самой большой радостью (да и удачей) я бы назвал рождение дочки Лидочки – от жены, которую зовут так же», - признавался он в интервью нашему порталу в 2017 году.

В 2020 году Анатолий Бакаев с молодой супругой переехал в Санкт-Петербург и досрочно сдал мандат депутата, который перешел руководителю исполкома ЕР Константину Долгову. Работает директором Института кибербезопасности и цифровых технологий МИРЭА.