Родился 12 февраля 1982 года в р.п. Кузоватово Кузоватовского района Ульяновской области.

Окончил Всероссийскую налоговую академию при Министерстве Финансов РФ (по специальности «Финансы и кредит») в Москве; имеет степень MBA (мастер делового администрирования).

С 2004 года работал в системе Федеральной налоговой службы РФ.

В 2011 году начал работу в отрасли сельского хозяйства.

В 2012 году выступил руководителем инвестиционного проекта ООО «РОС-Бекон» по строительству свиноводческого комплекса замкнутого цикла производства мощностью 30 тысяч откормочных свиней в год (за 4 года выстроил систему производства и переработки мяса свинины, отвечающую современным международным требованиям безопасности и качества. Свинокомплексу присвоена 4 степень компартмента – высшая степень биологической защиты. Организована переработка мясной продукции, производство колбас, деликатесов и полуфабрикатов под брендом «Тереньгульские деликатесы». Производимая продукция получила «Марку качества» Ульяновской области и «Знак качества» России).

В начале 2016 года возглавил лесоперерабатывающие предприятие ООО «Вешкаймское лесное хозяйство».

9 декабря 2016 года назначен на должность министра сельского, лесного хозяйства и природных ресурсов Ульяновской области.

В ноябре 2020 года был уволен с министерской должности с формулировкой "в связи с утратой доверия". Поводом послужили публикации в СМИ, в которых Семёнкина и руководителя администрации Чердаклинского района Марию Шпак заподозрили в дорогостоящей зарубежной поездке в Ниццу на частном бизнес-джете. Журналисты писали, что министр в отпуске хотел сделать своей возлюбленной предложение руки и сердца.

В декабре 2020 года он через суд восстановился в должности с выплатой 314 тысяч рублей. Губернатор Сергей Морозов обжаловал решение в апелляционной инстанции, но затем его место занял Алексей Русских. В октябре 2021 года администрация губернатора заключила с Семёнкиным мировое соглашение. 

До 28 июля 2022 года он работал с приставкой и.о.

В марте 2023 года был назначен вице-премьером регионального правительства, с сохранением министерской должности. В этом статусе Семёнкин дополнительно будет курировать агентство ветеринарии и министерство природных ресурсов и экологии.

Женат на Марии Шпак.

Член партии «Единая Россия».

В апреле 2018 года Михаил Семёнкин попал в Топ-10 самых богатых ульяновских чиновников (9-е место с годовым доходом 2 675 246 рублей).

В 2022 году задекларировал 3,4 млн рублей (за 2020 год - 3 млн). Из собственности имеет две квартиры на 54 и 140 "квадратов".

17 октября 2023 года стало известно, что Семёнкин уходит с должностей в правительстве региона. Губернатор Алексей Русских вручил ему благодарность от Министерства сельского хозяйства Российской Федерации «За многолетний добросовестный труд в системе агропромышленного комплекса».