Родился 12 ноября 1969 года в селе Теньгушево Теньгушевского района (Мордовия).

Окончил Мордовский ордена Дружбы народов государственный университет имени Н.П. Огарева по специальности «Лечебное дело» (1994 г.), клиническую ординатуру при медицинском факультете этого же медицинского учреждения по специальности «Хирургия» (1996 г.), а также Российскую академию народного хозяйства и государственной службы при Президенте РФ в Москве по специальности «Государственное и муниципальное управление» (2009 г.).

С 1992 года работал в медицинских организациях Москвы и Московской области. В частности, являлся начальником Управления координации деятельности медицинских и фармацевтических организаций №11 Министерства здравоохранения Московской области (территория ответственности – города Дмитров, Дубна, Талдом, Лобня, Долгопрудный). А в период с ноября 2019 года и по настоящее время замещал должность директора государственного бюджетного учреждения города Москвы Психоневрологический интернат № 3(в поселке Луговой Дмитровского района Подмосковья).

С апреля 2020 года назначен министром здравоохранения Ульяновской области (его представил на аппаратном совещании 6 апреля губернатор Сергей Морозов). На посту главы областного минздрава Мишарин сменил Сергея Панченко.

Общий трудовой стаж составляет более 23 лет, врачебный стаж - более 11 лет, на руководящих должностях - более 14 лет, на государственной службе- более 8 лет.

Имеет ученую степень «кандидат медицинских наук» (защитился в 2009 году), а также чин государственного советника Московской области 2-го класса (присвоен в 2017 году).

Награды: медали имени Н.И. Пирогова «За истинное милосердие и заботу о людях», «За заслуги» I степени МООП РЗ РФ, «За жертвенные труды» I степени Московской Епархии Русской православной церкви.

В должности главы ульяновского минздрава Мишарин проработал год: 13 апреля 2021 года он передал дела своему заместителю и написал  заявление на увольнение по собственному желанию. Виктор Мишарин пояснил, что уезжает в Москву и продолжит работать в системе здравоохранения и помогать Ульяновской области.