Родился 23 января 1970 года в Ульяновске.

Окончил общеобразовательную школу N62, Ульяновское медицинском училище N1, медицинский факультет филиала МГУ в Ульяновске (ныне – Ульяновский государственный университет), прошел обучение в клинической интернатуре. Второе высшее образование по специальности «Культурология» получил в Ульяновском государственном университете

Начинал трудовой путь санитаром, а затем массажистом в санатории-профилактории «Приборист».

С 1992 по 1996 годы находился на освобожденной профсоюзной работе (трудился над созданием внедрением и становлением студенческих традиций и движений в вузе).

С 1995 года, параллельно с учебой, организовал и возглавил ООО «СЭВ-Компани», основной род деятельности которой — индустрия досуга и развлечений.

С 2005 года работал заместителем директора, а с 2008 года - директором ОГУК «Ленинский мемориал». (Позже, в 2016 году Шабалин судился с Ленинским мемориалом).

С 2014 года и по настоящее время является руководителем спортивного комплекса «Волга-Спорт-Арена». «Вы, может, удивитесь, но сам на коньках не умею и считаю, что учиться уже поздно, на коньки надо вставать ребенком. Так что, во избежание серьезных травм на лед не встаю. Вот такой сапожник без сапог!» - признавался Шабалин нашему порталу.

Экс-депутат Законодательного Собрания Ульяновской области (с 2003-го по 2005-й являлся членом Консультационного экономического совета при ЗСО), занял место в парламенте вместо сложившего полномочия Александра Елюкина.

Член партии «Единая Россия» с 2003 года (участник пятого и восьмого съездов партии).

Женат, двое детей.

28 апреля 2018 года прокуратура направила в суд уголовное дело по обвинению Эдуарда Шабалина в причинении имущественного ущерба на сумму более 46 миллионов рублей.

1 августа 2018 года глава региона Сергей Морозов выразил недовольство работой Шабалина в должности директор «Волга-Спорт-Арены» и порекомендовал не продлевать с ним трудовой контракт; сам Шабалин с претензиями губернатора в свой адрес не согласился.

В январе 2020 г. суд оправдал Эдуарда Шабалина по четырем предъявленным эпизодам из пяти, оставив лишь кражу трех картин Никаса Сафронова. За это Шабалин получил 2,5 года.