Родился 23 января 1970 года в Ульяновске.
Окончил общеобразовательную школу N62, Ульяновское медицинском училище N1, медицинский факультет филиала МГУ в Ульяновске (ныне – Ульяновский государственный университет), прошел обучение в клинической интернатуре. Второе высшее образование по специальности «Культурология» получил в Ульяновском государственном университете
Начинал трудовой путь санитаром, а затем массажистом в санатории-профилактории «Приборист».
С 1992 по 1996 годы находился на освобожденной профсоюзной работе (трудился над созданием внедрением и становлением студенческих традиций и движений в вузе).
С 1995 года, параллельно с учебой, организовал и возглавил ООО «СЭВ-Компани», основной род деятельности которой — индустрия досуга и развлечений.
С 2005 года работал заместителем директора, а с 2008 года - директором ОГУК «Ленинский мемориал». (Позже, в 2016 году Шабалин судился с Ленинским мемориалом).
С 2014 года и по настоящее время является руководителем спортивного комплекса «Волга-Спорт-Арена». «Вы, может, удивитесь, но сам на коньках не умею и считаю, что учиться уже поздно, на коньки надо вставать ребенком. Так что, во избежание серьезных травм на лед не встаю. Вот такой сапожник без сапог!» - признавался Шабалин нашему порталу.
Экс-депутат Законодательного Собрания Ульяновской области (с 2003-го по 2005-й являлся членом Консультационного экономического совета при ЗСО), занял место в парламенте вместо сложившего полномочия Александра Елюкина.
Член партии «Единая Россия» с 2003 года (участник пятого и восьмого съездов партии).
Женат, двое детей.
28 апреля 2018 года прокуратура направила в суд уголовное дело по обвинению Эдуарда Шабалина в причинении имущественного ущерба на сумму более 46 миллионов рублей.
1 августа 2018 года глава региона Сергей Морозов выразил недовольство работой Шабалина в должности директор «Волга-Спорт-Арены» и порекомендовал не продлевать с ним трудовой контракт; сам Шабалин с претензиями губернатора в свой адрес не согласился.
В январе 2020 г. суд оправдал Эдуарда Шабалина по четырем предъявленным эпизодам из пяти, оставив лишь кражу трех картин Никаса Сафронова. Впоследствии прокуратура добилась нового рассмотрения историй, касающихся хищения полотен художника, а также злоупотребления Шабалиным полномочиями в период руководства Ленинским мемориалом. Процесс еще идет. В мошенничестве Эдуард Шабалин был полностью оправдан.
Задекларировал за 2021 год почти 7,8 млн рублей. На Шабалина оформлен внушительный список имущества: два земельных участка (один под ИЖС, второй - под размещение точки питания или торговли), две квартиры, коттедж и нежилое помещение. По городу Шабалин передвигается на мощном внедорожнике Mercedes-Benz G500. Жена отчиталась о 1,2 млн рублей, однокомнатной квартире, также владеет стареньким автомобилем Audi TT 1999 года выпуска. У семейной четы в пользовании имеется еще один жилой дом и квартира.
В июне 2022 года покинул пост директора «Волга-Спорт-Арены». Соответствующее распоряжение подписал министр физической культуры и спорта Ульяновской области Рамиль Егоров. Официально он прокомментировал решение так: «Расторжение контракта».
