Родился 20 сентября 1956 года в городе Таллинн Эстонской ССР.

В 1978 году окончил Коломенское высшее артиллерийское командное училище, в 1990 году – военную артиллерийскую академию, в 2000 году - Ленинградскую военно-артиллерийскую академию.

С 1978 по 1998 год служил в Вооруженных Силах (награждён орденом «За личное мужество», в отставку вышел в звании полковника).

С 1998 по 2001 год работал заместителем главы администрации Засвияжского района Ульяновска.

В 2001 году - начальник Управления лицензирования администрации Ульяновской области.

С 2001 по 2004 год являлся заместителем руководителя аппарата - управляющим делами администрации Ульяновской области.

С 23 декабря 2004 года - исполняющий обязанности заместителя главы города Ульяновска, руководитель аппарата.

С 2004 по 2006 год Владимир Трофимов работал руководителем аппарата мэрии Ульяновска, с 2006 года – заместителем главы администрации Ленинского района по социальным вопросам.

С 2012 года - глава администрации Железнодорожного района.

Заместитель главы города Ульяновска Сергея Панчина.

Женат, имеет дочь.

11 сентября 2018 года появилась информация (впоследствии не подтвердившаяся) о том, что Владимир Трофимов подал в отставку с поста главы Железнодорожного района.