Родился 21 мая 1961 года в селе Полдомасово Ульяновского района.
Окончил восьмилетнюю школу, сельскохозяйственный техникум Мелекесского района, Ульяновскую государственную сельскохозяйственную академию (ныне - Государственный аграрный университет).
По окончанию вуза работал в совхозе «Заветы Ильича» Ульяновского района, являлся стипендиатом этого хозяйства.
В 1985 году был избран председателем исполкома Полдомасовского сельского Совета народных депутатов. В 1986 - 1990 годах - председатель Ишеевского поселкового Совета народных депутатов. С 1991-го - начальник отдела механизации и энергетики Ульяновского районного управления сельского хозяйства и продовольствия. С 1997-го - начальник управления, первый заместитель главы районной администрации.
(Находясь в руководящем звене ишеевского ООО «Стройпластмасс – СП», Якунин вывел предприятие на новый виток развития: ООО «Стройпластмасс-СП» добилось высоких надоев и отличной урожайности).
В 2003 году назначен на должность начальника управления сельского хозяйства и продовольствия администрации Ульяновской области, с 2004-го - заместителем главы администрации области, министр сельского хозяйства, с 2010-го - первый заместитель председателя правительства Ульяновской области.
С апреля 2017 года и по настоящее время - президент Союза «Ульяновская областная торгово-промышленная палата».
Заслуженный работник сельского хозяйства РФ.
В 2006 году защитил кандидатскую диссертацию по теме «Ресурсосберегающие способы обработки почвы при возделывании зерновых культур в лесостепи Среднего Поволжья». В 2014 году Якунин оказался в центре скандала с собственной диссертацией (выпускница УлГТУ Татьяна Богомозова уличила его в плагиате).
Женат, имеет двоих сыновей.
Любимая книга: «Граф Монте-Кристо» Александра Дюма.
Любимый жанр музыки: популярная музыка (Пугачева, Серов, Басков, Киркоров).
Хобби: вождение автомобиля, хоккей с мячом.
Девиз по жизни: «Тебе никто ничего не должен».
Мечта: мир во всем мире.
«Финансово богатым себя не считаю. У меня нет никакого бизнеса. Взяток, относитесь, как хотите, я не беру. Других доходов, кроме зарплаты, у меня нет. Но мне этого вполне достаточно. Два сына уже самостоятельны: один, старший лейтенант Президентского полка, того самого, в котором я служил срочную; другой — живет в Ульяновске, работает в банковском секторе. Они обеспечивают себя сами, а нам с женой хватает. Зато я очень богат близкими друзьями».
«Я ни о чем не сожалею. Смотрю открыто и в прошлое, и в будущее. Благодарен судьбе, что все сложилось именно так, хотя по голове меня никогда не гладили, приходилось много работать, чтобы быть в обойме. Порой вопреки тем, кто пытался меня очернить. Честно, хочу уйти на пенсию, но возраст выхода отодвинули на три года».