Родился 12 января 1965 года в городе Щекино Тульской области.

В 1987 году закончил Тульское высшее артиллерийское инженерное училище. С 1982 по 1993 год проходил службу в рядах Советской Армии. В 2013 году закончил Российскую правовую академию Министерства юстиции Российской Федерации по специальности «юриспруденция».

В органах внутренних дел с 1993 года. Службу начинал оперуполномоченным отделения по экономическим преступлениям Управления внутренних дел Центрального района города Тулы. В разные годы занимал должности начальника Управления по налоговым преступлениям УВД по Тульской области, заместителя начальника УВД по Тульской области по экономической безопасности, первого заместителя начальника УВД по Тульской области — начальника криминальной милиции, заместителя начальника — начальника полиции УМВД России по Тульской области.

Указом Президента РФ от 1 августа 2013 года Мишагин Андрей Васильевич назначен министром внутренних дел по Республике Калмыкия.

Указом Президента РФ от 6 ноября 2018 года назначен начальником УМВД России по Ульяновской области. В ноябре 2021 года был переведен на должность начальника Главного управления МВД России по Ставропольскому краю. Его пост занял Максим Петрушин.

Награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» I степени, медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, медалью «За отличие в охране общественного порядка», медалью «70 лет вооруженных сил СССР».

Генерал-майор полиции.

Подчиненные Мишагина раскрутили несколько резонансных историй. В суд ушло крупнейшее на данный момент уголовное дело автоподставщиков — на скамье подсудимых 33 человека, это огромная работа следствия. Война была объявлена «обнальщикам»: полиция довела до суда участников двух таких группировок, общая сумма выведеннего ими кэша— 2,5 млрд рублей. Несколько громких дел еще расследуются: в управлении лежат папки на бывшего топ-менеджера УльГЭС Василия Головко и владельца группы компаний «Запад» Наиля Алимова.

Отличился Андрей Мишагин не только громкими расследованиями. При нем на улицы Ульяновска для охраны общественного порядка было выведено рекордное количество полиции — речь о протестных акциях 31 января. Тогда сотрудники органов задержали 37 участников несанкционированной акции из 150 — в истории современного ульяновского протеста подобной наполняемости автозаков еще не было. Когда контракт Мишагина подошел к экватору, эксперты оценивали его работу в целом положительно: «Оперативен, владеет ситуацией».