Родился 12 января 1965 года в городе Щекино Тульской области.

В 1987 году закончил Тульское высшее артиллерийское инженерное училище. С 1982 по 1993 год проходил службу в рядах Советской Армии. В 2013 году закончил Российскую правовую академию Министерства юстиции Российской Федерации по специальности «юриспруденция».

В органах внутренних дел с 1993 года. Службу начинал оперуполномоченным отделения по экономическим преступлениям Управления внутренних дел Центрального района города Тулы. В разные годы занимал должности начальника Управления по налоговым преступлениям УВД по Тульской области, заместителя начальника УВД по Тульской области по экономической безопасности, первого заместителя начальника УВД по Тульской области — начальника криминальной милиции, заместителя начальника — начальника полиции УМВД России по Тульской области.

Указом Президента РФ от 1 августа 2013 года Мишагин Андрей Васильевич назначен министром внутренних дел по Республике Калмыкия.

Указом Президента РФ от 6 ноября 2018 года назначен начальником УМВД России по Ульяновской области.

Награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» I степени, медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, медалью «За отличие в охране общественного порядка», медалью «70 лет вооруженных сил СССР».

Генерал-майор полиции.