Родился 2 сентября 1959 года в селе Старая Тюгальбуга Новомалыклинского района Ульяновской области.

Обучался в Ульяновском сельскохозяйственном институте (позже - УГСХА имени Столыпина, ныне – Государственный аграрный университет) в 1982 - 1987 годы и в московский Академии труда и социальных отношений  - с 1995 по 1997 годы.

Трудовую деятельность начал помощником бригадира по учету в Рязановском совхозе-техникуме Мелекесского района, где проработал с 1975 по 1979 гг.

С 2001 по 2005 годы - руководитель Центра занятости Димитровграда.

С 8 июня 2005 года по 4 июня 2015-го - глава администрации Новомалыклинского района.

С июля 2015 по октябрь 2017 года возглавлял администрацию Мелекесского района (9 октября 2017 года, в ходе аппаратного совещания правительства региона Ильяс Мухутдинов попросил освободить его от занимаемой должности).

В настоящее время – имам-ахунд Мелекесского, Новомалыклинского и Старомайнского районов, а также имам-хатыб соборной мечети Димитровграда Ильяс-Хазрят Мухутдинов (решение о назначении его на высокую духовную должность было принято 13 мая 2018 года во время ежегодного отчета имама мечети; предыдущий глава прихода — Фанис-хазрат Самигуллов добровольно сложил с себя полномочия). «Я все эти годы не был далек от ислама. Всегда соблюдал традиции, обычаи и посты. Шесть лет учился в Казанском исламском университете. Поэтому данное назначение — это лишь результат кропотливой работы. Это не было самоцелью. Обучение мое — это, скорее, было для саморазвития и самообразования. Для души», - объяснил свое перемещение с государственной службы на службу Аллаху.

В 2015 году входил в пятерку самых состоятельных глав районов Ульяновской области.

В ноябре 2016 года Мухутдинову сообщили, что его хотят подвинуть, чтобы отдать место главы администрации Виктору Игнатьеву. В своем комментарии для 73online.ru Ильяс Мухутдинов заявил: «Мне пытаются поставить в вину результаты выборов в Госдуму (район отдал «Единой России» 50% голосов избирателей, говорят, что это мало). Все проблемы, которые у нас существуют, я знаю. И мы над ними работаем. У людей много претензии к власти. И моя вина в сложившейся ситуации не самая большая. В целом же по ситуации – я решил дождаться губернатор, чтобы переговорить с ним. Только ему решать – работать мне или нет».