Родился 11 апреля 1950 года в станице Ново-Сергиевская Крыловского района Краснодарского края.

В 1972 году окончил с отличием Ульяновский политехнический институт по специальности «авиаприборостроение».

Вся трудовая деятельность связана с этим вузом, ныне Ульяновским государственным техническим университетом. Занимал последовательно должности старшего инженера научно-исследовательского сектора, старшего научного сотрудника, ассистента, старшего преподавателя, доцента, профессора, зам. декана, декана радиотехнического факультета.

В 1987 назначен первым проректором - проректором по учебной работе, в ноябре 1999 избран ректором университета (в январе 2015 года его сменил в этой должности Александр Пинков).

Был депутатом депутатом Законодательного собрания Ульяновской области от «Единой России», занимал пост заместителя председателя комитета по бюджетной политике, налогам и предпринимательству.

Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации, лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники, профессор, академик Российской академии естественных наук и Академии проблем качества. Председатель Совета ректоров Ульяновской области.

Автор пяти изобретений (область научных интересов: аппаратурный анализ характеристик случайных процессов). Опубликовал 60 научных и учебно-методических работ, в т.ч. учебное пособие для студентов вузов «Проектирование аналоговых электронных устройств».

Почетный радист РФ. Имеет многочисленные благодарности Министерства образования Российской Федерации. За значительный вклад в развитие науки и многолетний труд по подготовке высококвалифицированных специалистов награждён Почетным знаком Губернатора Ульяновской области «За веру и добродетель».

В 2010 году Александр Горбоконенко выступил против идеи депутата-коммуниста ЗСО Вячеслава Алексейчика о слиянии всех ульяновских вузов в один.

Женат, есть сын и трое внуков.

Александр Дмитриевич и его супруга Вера Дмитриевна (она же - коллега в звании доцента) верят в любовь с первого взгляда, хотя и считают, что «нельзя с точностью сказать, что это такое». По их мнению, рецепта семейного счастья не существует, главное, чтобы не было конкуренции в семье, все нужно делать вместе, но при этом оставаться личностью. Александр Дмитриевич поведал, что не хотел бы ничего поменять в своей жизни, а Вера Дмитриевна сожалеет лишь о том, что так и не научилась водить машину.