Приказом Генерального прокурора РФ прокурором Радищевского района Ульяновской области назначен. В органах прокуратуры он работает с 1997 года. До назначения работал заместителем прокурора Железнодорожного района Ульяновска.

Марат Зубаиров начинал свою трудовую деятельность помощником прокурора Засвияжского района Ульяновска. В 2002 году был назначен на должность зампрокурора Цильнинского района.

С 2003 по 2011 годы являлся зампрокурора Засвияжского района Ульяновска, а потом до 2012 г. занимал должность заместителя начальника отдела по надзору за уголовно-процессуальной и оперативно-розыскной деятельностью областной прокуратуры.

С 2012 по 2014 год был начальником отдела по надзору за следствием, дознанием и оперативно-розыскной деятельностью №2 управления по надзору за уголовно-процессуальной и оперативно-розыскной деятельностью прокуратуры Ульяновской области.

С 2014 по 2020 год занимал должность заместителя прокурора Железнодорожного района города.

Старший советник юстиции.